Попадает ли иностранные предприятие находящиеся на территории РФ под действия положений ФЗ-261 в части обязательного энергетического обследования?

Да, подпадает, если соответствует требованиям ч. 1, ст. 16 Федерального закона от 23 ноября 2009 г. N261-ФЗ "Об энергосбережении и о повышении энергетической эффективности и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации".

Закон в данном случае не разделяет организации на российские и иностранные.